外來入侵種之所以可怕，是因為它會造成經濟、生態和健康上的危害，最直接的就是金錢損失。政府每年都要付出龐大的金額防治，或賠償外來入侵種造成的損失。

外來入侵種不僅會捕食原生種，或和原生種競爭，排擠原生種的生存空間造成滅絕。此外，也可能傳播疾病或寄生蟲，傷害原生種。如果外來入侵種與原生種親緣相近，還可能雜交，改變原生種的基因組成，降低遺傳多樣性。種種問題，都破壞生態平衡，擾亂生態系統。

最常見的入侵種「福壽螺」，原產於南美洲，因為繁殖力強、生長迅速被引進臺灣養殖，但福壽螺肉質鬆軟，不符合民眾口味，棄養後流入溝渠、池塘、稻田及水生作物池。

根據已退休的中研院巫文隆研究員在2003年的研究指出，1982年7月間二期稻作受福壽螺侵害的農作面積達1萬7000公頃， 1986年受害的農作面積達17萬1425公頃，其中水稻田面積達1萬9980公頃，損害高達3090萬美元。

2009年，前臺灣大學生物資源暨農學院楊平世院長和臺大農業經濟學研究所研究團隊以經濟學公式推算，1986年福壽螺對稻米生產造成的損失，高達新臺幣12億元。之後每年對農作物的損害約1億元以上。從福壽螺入侵臺灣至今，造成的經濟損失已達上百億元了！

荔枝椿象，原產於中國，1999年首度在金門發現，之後蔓延到臺灣本島，成為新興騷擾性昆蟲。荔枝椿象不只棲息在荔枝、龍眼樹，也會在臺灣欒樹等無患子科的行道樹上。一旦受驚擾，荔枝椿象就會射出腐蝕性臭液自衛，如果接觸到皮膚、眼睛，會造成灼傷般的潰爛，甚至失明。因此要提高警覺，不可以徒手捕捉或驚擾它。近年來動植物防疫檢疫與高雄市政府、臺中市政府、屏東科技大學及苗栗區農業改良場合作，進行荔枝椿象的天敵——平腹小蜂的釋放計畫，希望能減少荔枝椿象的危害。